توجه به مباحث کیفی و زیست محیطی در اجرای طرح‌های تغذیه مصنوعی سیلاب یکی از جنبه‌های حیاتی و مهم در مدیریت منابع آب به شمار می رود. این مباحث شامل ارزیابی اثرات زیست‌محیطی، کیفیت آب و بررسی تأثیرات اجتماعی و اقتصادی در مناطق هدف می‌باشد. علاوه بر آن تغذیه می‌تواند بر روی اکوسیستم‌های محلی منطقه نیز تأثیر بگذارد به همین دلیل نیاز به ارزیابی تاثیرات بر تنوع زیستی و گونه‌های گیاهی و جانوری وجود دارد. لازم به ذکر است شناخت و بررسی ویژگی‌های زمین‌شناسی و هیدرولوژیکی منطقه نیز می‌تواند در جلوگیری از مشکلات بندهای تغذیه مصنوعی در آینده مؤثر باشد. طرح‌های تغذیه مصنوعی می‌تواند به تعادل میان آب‌های سطحی و زیرزمینی کمک کند و از افت سطح آب زیرزمینی به ویژه در مواقع خشکسالی جلوگیری نماید. در مقابل اثرات مثبت تغذیه، یکی از چالش‌ها در اجرای این طرح‌ها، مشارکت جامعه محلی در خصوص طرح تملک زمین می باشد که در این خصوص اطلاع‌رسانی و آموزش می‌تواند به افزایش آگاهی عمومی کمک کند. بنابراین بررسی تمام جنبه های طرح‌های تغذیه مصنوعی سیلاب و ارزیابی دقیق و کارشناسانه می تواند به یک راه‌کار پایدار و مؤثر در مدیریت منابع آب با همکاری و مشارکت ذینفعان کمک نماید.

یکی دیگر از مباحث مطرح شده اجرای طرحهای‌ تغذیه مصنوعی با پساب می باشد که این روش تغذیه اگرچه ممکن است به عنوان یک راه‌حل نوآورانه برای مدیریت منابع آب و بهبود کمیت منابع آب زیرزمینی به نظر برسد، اما معایب و چالش‌های زیادی به همراه دارد که باید به دقت مورد بررسی قرار گیرد. یکی از مهمترین  معایب آن آلودگی‌های شیمیایی پساب‌ها می باشد به طوری که ممکن است پساب تغذیه شده حاوی مواد مضری مانند فلزات سنگین،آلاینده های نوظهور شامل آفت‌کش‌ها، مواد دارویی و غیره باشد که برخی از آنها قابل شناسایی و حتی قابل حذف در سیستمهای تصفیه خانه فاضلاب رایج در کشور نمی باشند و این موضوع می‌تواند به آلودگی منابع آب زیرزمینی منجر شود و خطراتی برای سلامت عمومی و محیط زیست ایجاد نماید. علاوه بر آن ورود پساب‌ها به سفره‌های آب زیرزمینی می‌تواند باعث تغییر کیفیت خاک و ویژگی‌های فیزیکی و شیمیایی آن و در نهایت منجر به کاهش حاصل‌خیزی خاک شود و بر سلامت زنجیره‌های غذایی تأثیر بگذارد. یکی دیگر از چالشهای تغذیه با پساب عدم پذیرش اجتماعی و نگرانی‌های عمومی می باشد. افراد جامعه ممکن است در مورد استفاده از پساب‌ برای تغذیه مصنوعی نگران باشند و این نگرانی می‌تواند منجر به مقاومت اجتماعی در برابر اجرای چنین طرح‌هایی شود. این در حالی است که هزینه‌ تصفیه فاضلاب‌ به منظور تأمین کیفیت مناسب برای استفاده در فرآیند تغذیه مصنوعی بسیار بالا بوده و نگهداری و تعمیر سیستم‌های مربوط به تغذیه مصنوعی با پساب نیاز به نظارت، بازرسی، نگهداری و تعمیرات منظم دارد. همچنین پیش‌بینی دقیق رفتار آب‌های زیرزمینی تحت تأثیر پساب‌های تغذیه شده ممکن است دشوار باشد و منجر به ایجاد ناپایداری در سفره‌های آب زیرزمینی یا انتقال آلودگی‌ها شود. در ادامه می توان به ممنوعیت قانونی و تدوین استانداردهای سخت‌گیرانه‌ در بسیاری از کشورها، بر اساس نگرانی‌های بهداشتی،   زیست‌محیطی و اجتماعی برای استفاده از پساب‌ها در تغذیه مصنوعی، به ویژه در مناطقی که از سفره های آب جهت مصرف شرب استفاده می گردد، اشاره نمود. لذا با توجه به چالش‌ها و خطرات احتمالی برشمرده شده، انجام تحقیقات بیشتر، توسعه فناوری‌های تصفیه نوین و تدوین استاندارد روشن برای استفاده از پساب‌ها در تغذیه مصنوعی ضرورتی اجتناب ناپذیر می باشد.